Ówcześni liderzy organizacji, Eugeniusz Czykwin i Mirosław Matreńczyk, poświęcając swoje urlopy i wolny czas przystąpili do rekonstrukcji starego, XIX-wiecznego domu, kupionego we wsi Spiczki. Budynek pokryto gontem, obecnie znajdują się w nim dwa pokoje mieszkalne, sala konferencyjna i w pełni wyposażona kuchnia. Fundusz na kupno działki, domu, materiały i opłacenie pracy cieśli, pochodził z zysków powstałych przy organizowaniu noworocznych zabaw oraz ofiar ludzi wspomagających przedsięwzięcie. Dom zrekonstruowano, dbając o zachowanie jego architektury.
Ze wsi Zbucz przeniesiono też spichlerz, który w Ośrodku zamieniono na saunę. W pobliżu wykopano staw.
Jesienią 1993 roku rozpoczęto budowę nowego budynku według projektu architekta Jana Wołkowyckiego. Składa się on z trzech segmentów. Pierwszy zawiera salę konferencyjną, pozostałe dwa - po cztery dwuosobowe pokoje mieszkalne. Każdy segment posiada łazienkę. Budynek użytkowany jest dzisiaj jako noclegownia, także miejsce obrad i zabaw.
Grunty z budynkami początkowo stanowiły własność osoby prywatnej. Przekazanie ich Bractwu na drodze umowy darowizny nastąpiło w połowie 1992 roku, po uzyskaniu przez nie osobowości prawnej. Do budynku doprowadzono linię energetyczną, a w następnym roku także linię wodociągową. W 1993 roku baza otrzymała swą oficjalną nazwę. W tym samym roku zorganizowano trzy obozy i jedno międzynarodowe seminarium, poświęcone mniejszościom narodowym, etnicznym i religijnym.

W ośrodku Bractwo Młodzieży Pawosławnej organizowało obozy wakacyjne dla dzieci i młodzieży, w tym również międzynarodowe i ekumeniczne (wypoczynkowe, robocze, modlitewne, ikonograficzne, językowe). Tutaj odbywały się różnorakie spotkania i pokazy. Na przykład - w 1997 roku odbył się pokaz filmu pt. "Błagodatny ogoń", miało też miejsce spotkanie poświęcone Iwerskiej Montrealskiej ikonie Matki Bożej. W dniach 20-30 września 1998 roku stowarzyszenie "Wędrujące Współdziałanie" z Warszawy zorganizowało spotkanie artystów pn. "Miodowy Las". Wystawa powstałych w tym czasie prac odbyła się w kwietniu 1999 roku w Galerii Wschodniej w Łodzi. Natomiast w dniach od 30 sierpnia do 2 września 2007 roku w ośrodku odbyła się Orthodoxiada, czyli zawody sportowe Bractwa. Brały w nich udział 5-osobowe zespoły rywalizujące ze sobą w turniejach gier stołowych, siatkówki, badmintona, strzelectwa i wyścigów rowerowych.
Warto też wspomnieć o polsko-białoruskim obozie młodzieżowym, który odbył się na terenie ośrodka w dniach 3-14 lipca 2006 roku. Obóz, zorganizowany w ramach projektu „Świat i Stwórca wokół nas”, był realizowany przez białowieską parafię pod patronatem Euroregionu „Puszcza Białowieska” i przy wsparciu Unii Europejskiej. Jednym z efektów polsko-białoruskiej wymiany młodzieżowej jest dzisiaj ścieżka rowerowa i piesza, którą opracowały i wytyczyły Agata Skiepko i Anna Waszkiewicz. Szlak ten nosi nazwę „Śladami białowieskich wyznań” i prowadzi do wszystkich miejsc kultu znajdujących się na terenie gminy Białowieża.
W dniach 28-30 lipca 2000 roku w Białowieży odbywały się uroczystości z okazji 20-lecia istnienia Bractwa Młodzieży Prawosławnej. Wzięła w nich udział młodzież z Polski, Ukrainy, Słowacji i Finlandii. Liturgię św. koncelebrował metropolita warszawski i całej Polski Sawa. Wygłoszono kilka referatów, odbyły się dyskusje na temat problemów współczesnej Cerkwi, sytuacji kobiet, działalności prawosławnych organizacji. Miały miejsce także: pokaz slajdów, wystawa prac uczestników konkursów pisania ikon i fotograficznego. Z koncertami wystąpiły chóry cerkiewne, zespoły "Czeremszyna" i "Russkaja Trojka" i "Horyna" oraz bardowie - Doroteusz Fionik, Wasil Żdankin, Aleś Kamocki.
W dniach 3 i 4 czerwca 2002 roku w Białowieży odbyło się spotkanie przedstawicieli Syndesmosu z krajów Europy środkowo-wschodniej. Miało ono na celu odnowienie współpracy pomiędzy młodzieżowymi organizacjami prawosławnymi oraz szkołami teologicznymi z Litwy, Białorusi, Czech, Słowacji i Polski. W spotkaniu wzięła udział Rebecca Hookway, sekretarz generalny Syndesmosu w Atenach.

W 2022 roku z inicjatywy koordynatora ds. młodzieży Aleksandra Wasyluka i z błogosławieństwa Metropolity Sawy powstało Stowarzyszenie Ośrodek Białowieża, w którego skład weszli byli przewodniczący i działacze związani z bractwem i środowiskiem prawosławnym. Stowarzyszenie podpisało umowę dzierżawy z Bractwem Młodzieży Prawosławnej by wziąć na siebie odpowiedzialność za remont, rozwój i prowadzenie ośrodka, który w dalszym ciągu ma służyć głównie szkoleniu młodzieży i działaczy związanych z działalnością cerkwi.